Након што су поразили Клан Стопала, Леонардо, Рафаело, Донатело и Микеланђело привремено живе код Ејприл док траже нови скривени дом у канализацији. Међутим, Секач преживљава претходни сукоб и открива да компанија TGRI поседује последњу количину мутагена који је створио корњаче. Он брзо преузима контролу над научником који је измислио ову супстанцу и користи је како би створио два нова, застрашујућа и огромна мутантска чудовишта – Току и Разара. Нинџа корњаче морају да употребе сву своју вештину и брзину како би спречиле ове моћне звери да униште град, истовремено тражећи коначне одговоре о сопственом пореклу.